当方の管理サイトで画像の拡大表示に一部 WP-Slimbox2プラグインを使用しているWEBサイトがあります。
Wordpressを3.6にアップデートしたところpluginが、動作しなくなりました。

おそらく解決法は、こちらにあるようですが…（http://wordpress.org/support/topic/problem-on-wp36）

http://wordpress.org/support/topic/overlay-appearing-on-top-of-image?replies=6
今回は、こちらを参考にWP Lightbox2　への乗り換えで対応いたしました。

WP3.6へのアップデートでは、いくつかのプラグインが動作しなくなっているようですね。
ご注意を！